在整地前要施入基肥。基肥以腐熟的猪粪、马粪、羊粪为最好，切忌施用生粪，否则会因施后发酵产生高热，烧伤板蓝根的根系。为了防治虫害，最好在粪肥堆积过程中喷洒90%敌百虫800倍液拌匀，以杀死虫卵、蛹和幼虫。。这些肥料中的有机质含量高，氮、磷、钾及微量元素齐全，不仅能满足板蓝根的生长需要，而且能疏松土壤、改善土壤结构和理化性状，对板蓝根的生长发育和增产有着明显的促进作用。
每亩（667平方米）施基肥2000-3000千克；如果粪肥充足，可加施到每亩（667平方米）施4000千克。当粪肥不足时，每667平方米可另加施磷酸二铵或过磷酸钙50千克和氯化钾或硫酸钾等钾肥15千克。
由于板蓝根是深根系药用作物，所以要求根部土层必须疏松。因此施肥后还需要深翻，为了确保板蓝根根系的生长条件，翻土深度应在30厘米以上，这样有利于根的下伸、顺直、光滑和不分杈。在整地时沙性多的土地可翻的稍浅些，较黏性重的土地可翻的稍深些。最后还要打碎土块，将地块整平。
地块整好后就要做畦了，在北方，降水少的地区可作平畦，畦宽1.5-1.8米。在南方应作高畦，以利于排水。畦高20-30厘米，一般地势高的地方将畦做低些，地势低的地方将畦做高些。畦长可根据地势而定，地势平坦的地块可作长畦，地势起伏的地块可做短畦。两畦之间留30厘米宽的作业道。结合做床进一步打碎土块，使土壤细、碎，防止畦内混有土块和杂物，影响板蓝根的发芽和根系生长，保证整地质量。种植畦整好的标准是畦面平整，土壤细碎。整完地后就要播种种植了。
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