锦鲤的发病原因很多，有些是因饲养管理不当引起，有些是因细菌、寄生虫感染所致，有些与长途运输有关。
（1）温差变化：锦鲤在换水时，新旧水温相差2度或更多，常会引起鱼体不适，导致发病。尤其是在春季、秋季、和冬季，换水时要格外注意。
（2）水质变化：锦鲤的饲水，由于投饵过多，残饵发酵引起水质变坏，如不及时换水，会诱发锦鲤生病。此外，刚放出来的自来水，由于晾晒时间不够，锦鲤放入后引起身体不适或中毒死亡。或是自来水中投放去氯药品大苏打数量过多，引起水质白浊，如不注意观察，会引起锦鲤死亡，这种情况在高温天气尤多见。
（3）水土变化锦鲤经过长途运输，到达一个新的环境中，由于异地气候和水质差异，如果调理不当，会诱发锦鲤生病。
（4）机械损伤：锦鲤在日常捕捉或运输中，粗心大意或操作不当，导致锦鲤鳞片脱落或器官损伤，如观察不及时，容易诱发锦鲤生病。
（5）病菌感染：每年的春秋两季，是锦鲤都会遇到的两个易发病的季节，这是自然环境引起的，人力难以抗拒，如果疾病判断不准确或用药不当，都会引起锦鲤大批死亡。常见的寄生虫引起的烂鳃病、真菌引起的肤霉病、细菌引起的白头白嘴病和肠炎等。
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